Kapal selam, bagaimanapun canggihnya kadang bisa terbakar, nyaris tenggelam atau yang paling fatal meledak dan tenggelam yang diakibatkan hal-hal kecil, baik karena kelalaian awaknya, ataupun hanya gara-gara selembar kertas atau perekat isolasi kabel.
Berikut adalah catatan kecelakaan yang menimpa kapal selam dari berbagai Negara :
Kursk tenggelam
Pada bulan Agustus 2000, kapal selam Rusai Oscar II class (kapal selam rudal terbesar di dunia) yang bernama Kursk tenggelam di Laut Barents ketika terjadi kebocoran hidrogen peroksida di ruang torpedo di depan yang menyebabkan ledakan pada hulu ledak torpedo, yang pada gilirannya memicu ledakan sekitar enam hulu ledak lainnya sekitar dua menit kemudian.
Ledakan kedua ini setara dengan sekitar 3-7 ton TNT, dan itu cukup besar hingga di peralatan seismograf di seluruh Eropa Utara mampu mencatanya.
Ledakan dan banjir karena tekanan tinggi air laut membunuh sebagian besar dari 118 pelaut kapal selam. Dua puluh tiga selamat di buritan kapal selam, tetapi meskipun upaya penyelamatan internasional,para kru yang tersisaakhirnya meninggal beberapa hari kemudian, entah karena terbakar atau mati lemas karena kekurangan oksigen.
Angkatan Laut Rusia mendapat kritikan dari anggota keluarga para awak yang meninggal karena terlambat mengijinkan bantuan internasional pada waktu yang tepat.
USS Greeneville menabrak kapal sipil
Pada tanggal 9 Februari 2001, kapal selam Amerika USS Greeneville tanpa sengaja menabrak dan menenggelamkan kapal pelatihan perikanan sekolah tinggi Jepang, Ehime-Maru, menewaskan sembilan dari 35 penumpang kapal Jepang, termasuk empat mahasiswa, di 16 km lepas pantai Oahu. Tabrakan terjadi saat masyarakat sipil berada diatas kapal selam melihat latihan perang.
Sebuah penyelidikan menemukan bahwa kecelakaan itu akibat buruknya deteksi sonar, penggunaan periskop yang tidak efektif oleh kapten kapal selam, Komandan Scott Waddle, komunikasi buruk antara kru dan gangguan yang disebabkan oleh kehadiran 16 tamu sipil diatas kapal selam.
USS Dolphin mengalami kebocoran dan terbakar
Pada bulan Mei 2002, kapal selam Angkatan Laut AS USS Dolphin mengalami banjir dan kebakaran di lepas pantai San Diego, California. Kapal selam itu ditinggalkan oleh kru dan personel sipil Angkatan Laut, yang kemudian diselamatkan oleh kapal angkatan laut didekatnya. Tidak ada awak kapal selam yang terluka parah. Meskipun rusak berat, kapal selam berhasil ditarik kembali ke San Diego untuk perbaikan.
USS Oklahoma City tabrakan dengan kapal tanker
Pada tanggal 13 November 2002, USS Oklahoma City bertabrakan dengan kapal tanker gas alam cair Leif Hoegh Norman Lady, di timur Selat Gibraltar. Tidak ada yang terluka, dan tidak ada kebocoran minyak akibat insiden ini, tetapi kapal selam mengalami kerusakan, dan ditarik ke La Maddalena, Sardinia, untuk perbaikan.
Komandan kapal selam Richard, dibebas tugaskan pada 30 November. Seorang staff lainnya dan dua tamtama juga mendapat hukuman disiplin karena melalaikan tugas.
HMS Trafalgar Kandas
Pada bulan November 2002, kapal selam kerajaan Inggris, HMS Trafalgar kandas dekat Skye, menyebabkan kerusakan pada lambung dan melukai tiga pelaut.
Kapal selam itu awalnya menyelam 50 meter di bawah permukaan laut dan berlayar dengan kecepatan 14 knot (26 km / jam) saat Letnan Komandan Green Tim, seorang mahasiswa kursus di The Perisher (pelatihan komandan kapal selam baru), memerintahkan perubahan rute yang membawanya ke daerah penuh batu karang di Fladda- Chuain, sebuah pulau kecil yang tidak terdapat dalam peta.
Sebuah laporan yang dikeluarkan pada Mei 2008, menyatakan bahwa kertas kalkir (yang digunakan untuk melindungi grafik navigasi) telah mengaburkan data penting selama latihan. Selanjutnya, petugas yang bertanggung jawab atas latihan itu tidak pernah melacak posisi kapal selam menggunakan semua peralatan yang tersedia. Komandan Robert Fancy dan Ian McGhie oleh pengadilan militer ditegur atas insiden itu.
HMAS Dechaineux Kebocoran
Pada tanggal 12 Februari 2003, HMAS Dechaineux, kapal selam Collins class milik Royal Australian Navy (RAN) melakukan penyelaman maksimum namun pada kedalaman yang aman di lepas pantai Australia Barat ketika kemudian terjadi ledakan pipa dikapal selam. Tekanan tinggi dari air laut segera membanjiri ruang mesin sebelum kemudian kebocoran pipa itu berhasil ditutup. Diperkirakan jika kebocoran terjadi selama lebih dua puluh detik saja, Dechaineux diperkirakan akan tenggelam.
Angkatan Laut Australia kemudian menarik kapal selam Collins ke pangkalan Stirling. Setelah insiden ini, insinyur angkatan laut tidak dapat menemukan penyebab ledakan pada pipa, dan sejak insiden itu kapal selam Collins dilarang menyelam lebih dari batas aman.
Ming 361 tenggelam
Pada bulan Mei 2003, Cina mengumumkan bahwa awak seluruh kapal (70 orang) telah tewas di dalam kapal selam Ming class 361 karena kerusakan mekanik. Kecelakaan itu terjadi di lepas pantai provinsi Liaoning di timur laut Cina. Kapal selam itu kemudian ditarik ke dermaga yang tak dikenal. Penyebab kecelakaan sampai saat ini masih belum diketahui pasti, namun diyakini bahwa awak kapal selam tercekik karena kekurangan oksigen yang diakibatkan kerusakan mesin diesel.
K-159 tenggelam
Pada bulan Agustus 2003, Kapal selam November class (K-159) milik Rusai tenggelam di Laut Barents. Kapal selam ini sebenarnya sudah dinonaktifkan, dan sedang ditarik untuk scrapping. Kecelakaan ini menyebabkan tewasnya sembilan pelaut.
USS Hartford Kandas
Pada tanggal 25 Oktober 2003, kapal selam Amerika dari Los Angeles class, USS Hartford kandas di pelabuhan La Maddalena, Sardinia, di Laut Mediterania.
HMCS Chicoutimi terbakar
Pada tanggal 5 Oktober 2004, kapal selam Kanada HMCS Chicoutimi menderita dua kebakaran setelah meninggalkan pelabuhan Halifax.
Penyelidik dari Kanada menyimpulkan, isolasi yang tipis pada beberapa kabel listrik menjadi penyebab kebakaran. Dewan penyelidik berikutnya menemukan bahwa kebakaran itu juga disebabkan oleh serangkaian peristiwa yang disebabkan lengkung listrik di sendi kabel dari tekanan air laut.
USS San Francisco bertabrakan dengan gunung laut
Pada tanggal 8 Januari 2005, kapal selam Los Angeles class, USS San Francisco, menabrak gunung bawah laut sekitar 350 mil (560 km) selatan dari Guam di Kepulauan Mariana.
Salah satu pelaut nya, Machinist, meninggal karena luka-luka yang dideritanya. 60 lebih pelautnya juga terluka akibat kecelakaan ini, beberapa diantaranya mengalami patah tulang. Tabrakan dengan gunung bawah laut yang sangat parah menyebabkan San Francisco hampir tenggelam.
Hal ini terjadi ketika kapal selam San Francisco sedang melakukan pelayaran dengan kecepatan tinggi untuk mengunjungi Brisbane, Australia.
Beberapa situs berita web menyatakan kapal selam telah menabrak sebuah “gunung laut yang belum dipetakan ” pada kecepatan tinggi.
Kapten kapal selam, Komandan Kevin Mooney, kemudian dibebas tugaskan dari jabatannya setelah penyelidikan mengungkapkan bahwa ia telah menggunakan metode perencanaan yang tidak memadai saat melakukan perjalanan lautnya.
Akibat kecelakaan yang nyaris fatal ini, kapal selam menjalani reparasi berat termasuk mengganti bagian haluannya dengan meng-kanibal dari haluan kapal selam USS Honolulu, yang sudah dipensiunkan sebelumnya.